激光祛痘危害，但仍可能会产生疼痛、色素沉着、水肿、水泡、疤痕等症状，其中水泡及疤痕较为少见。疼痛症状与患者个人体质有关，若患者感觉疼痛较为严重，则可涂抹麻醉药物。

激光祛痘的危害是，由于表皮细胞层的大面积损伤，其自我修复和抗紫外线功能受到影响，这可能加剧病情。