扁平疣在治疗的过程当中需要对疣体进行破坏，同时还需要对局部皮肤的生长进行调节，可以通过外用的药物进行治疗，可以按照医嘱在局部涂抹水杨酸或者是维a酸类的药物，能够加快表皮的剥脱，同时还能够对局部的细胞免疫进行调节，从而改善扁平疣。也可以直接通过自体疣免疫疗法的手术方式进行治疗。
自体疣免疫疗法主要是利用手术的方式，直接把自体疣植入到皮肤下面的脂肪层当中，能够不断的对机体造成刺激，从而释放细胞因子，当人体在产生抗病毒的抗体之后，能够把表皮上面所存在的病毒进行清理，同时还可以对疣体造成破坏，从而达到治疗的效果。
另外也可以直接到正规医院的皮肤科去做液氮冷冻治疗。这种方式是属于是一种非接触的冷冻疗法，能够直接在瞬间使局部的病态组织受到极致冷冻，从而达到破坏扁平疣的效果，但是在经过治疗之后，局部的皮肤会出现渗出或者是充血的情况，大概10天到半个月左右可以恢复。
